A CAPES (Comissão de Aperfeiçoamento de Pessoal do Nível Superior) é o órgão do Ministério da Educação responsável pelo reconhecimento e a avaliação de cursos de pós-graduação stricto-sensu (mestrado profissional, mestrado acadêmico e doutorado) em âmbito nacional. O processo de avaliação de cursos de pós-graduação realizado pela CAPES é contínuo. O curso em funcionamento deve ser avaliado a cada quatro anos (a partir de 2013), a fim de verificar se as metas propostas no projeto inicial foram plenamente atingidas no âmbito do Programa. Caso contrário, o Programa poderá ser descredenciado. Os cursos de pós-graduação são avaliados pela produção científica do corpo docente e discente, a estrutura curricular do curso, a infraestrutura de pesquisa da instituição, dentre outros indicadores.

O programa de Ginecologia e Obstetrícia manteve uma crescente de avaliação do conteito CAPES nos últimos triênios, com conceito 5 em 2017, conceito 6 na avaliação de 2017, alcançando o conceito máximo da CAPES em 2020, o conceito 7.